Longe de ser uma fase cheia de romantismo, o engraçado Vudu (Pedro Vasconcelos), rapaz da zona norte do rio, que se torna famoso como jogador de futebol. Com a carreira ameaçada devido a uma operação no joelho, ele faz fisioterapia e assim se envolve com a bela Patrícia (Luana Piovani), uma menina rica e esnobe com quem vive um relacionamento conturbado, com encontros e desencontros.
O empresário Fausto aparece se dizendo dono da metade da Academia Malhação , causando a maior confusão entre alunos e professores.
Nessa temporada, o professor Dado (Cláudio Heinrich) – filho de pais ricos e que, até então, levava uma vida sem dificuldades materiais renuncia à ajuda financeira depois de uma briga com o pai, sai de casa e vai morar no bairro do Méier, na zona norte do Rio de Janeiro, ocupando o sofá do apartamento de um amigo prestes a ser despejado. A nova situação do professor o obriga a lidar com a profissão e seu relacionamento com os alunos sob uma nova perspectiva.
O personagem Mocotó, um dos poucos que permanecem no ar desde a primeira temporada, arruma uma namorada, mostrando o amadurecimento do jovem que, antes, só contava vantagens e não admitia a vontade de assumir um relacionamento com nenhuma menina. É também nessa temporada que o jogador Ronaldo faz uma participação na trama, como namorado de Mariana , personagem de Susana Werner, e namorada do jogador na vida real, na época. A participação do jogador marca a saída de Mariana da trama; a jovem vai viver com o amado na Itália.
